温补派

    以金代李杲的脾胃论为基础，治疗时重视温补中气的方法。代表医家首推薜己，次为张景岳及赵献可。

    薜己(1488-1558)，号立斋，其父曾任太医院院使。他医学造诣较深，兼通内、外、妇、儿、眼、口齿等科。其学术思想强调真阴、真阳不足。薜己著作甚多；《内科摘要》是中国医学史上第一本以内科命名的医籍，《口齿类要》是中医史上最早的口齿专书，其他著作包括《外科枢要》、《正体类要》、《薜氏医案》、《疠疡机要》、《女妇撮要》、《外科心法》等。他推荐以苍术、人参、甘草及北蓍为主的汤剂，治疗因脾胃不和所引起的疲乏及食欲低下。根据李杲《脾胃论》之描述，都是一些"温补中气"的药物。

    张介宾(约1563-1640)，字景岳，浙江山阴人。其医学主张主要为"阳非有余"、"真阴不足"以及"人体虚多实少"等论点。主张温补肾阴肾阳，慎用寒凉与攻伐方药。张介宾创制很多补肾方剂。于晚年编撰的《景岳全书》是一部综合性医籍。他亦撰写多部《黄帝内经》注释，内容浅易。

    明代另一位力倡温补的医家，赵献可字养葵。他对薜己的学说十分推祟，尤其发挥命门之说，认为命门是人身之主和至宝，于1687年特撰《医贯》一书，用意是以保养"命门之火"的论点贯穿于养生与治疗等一切问题。因此他用药也多采用八味丸、六味丸等张仲景在《金匮要略》描述的补阳方剂。

温病派

    温病学说的来源久远，是中医多种外感急性热病的总称，即是 外源性病邪引起身体发热等症状的疾病。明代以前，医家们对传染病和非传染病的认识，主要局限于《伤寒论》的范围，内容提及"太阳病发热而渴，不恶寒者，为温病。

    吴有性(1592-1672)，名又可，姑苏洞庭人。他目睹当时疫病(又称为瘟疫病)流行的惨状，决心通过观察研究，对疫病的病因、传染途径及平日所用之验方等作详细记录，于1642年写成的《温病论》属于传染病的专着。他创立"戾气"之说，认为温疫之病并非由风寒暑湿所为外邪引致，而是由于感染一种外在的"异气"引起，这种"异气"他称作"戾气"。戾气有以下要点：

    * 物质性可服药治疗; 
    * 通过口鼻侵犯体内，而致病与否则决定于戾气的量、毒力及人体的抵抗力; 
    * 戾气的种类不同，所引起的疾病会不同，侵犯的脏器部位也不一; 
    * 人类的疫病和禽兽的瘟疫是由不同的戾气所致; 
    * 痘疹与疔疮等外科化脓感染也是戾气所引起的。

    古代痘疹就是天花，是严重传染病，早在汉代葛洪的《肘后方》已有记载，但一直没有有效的防治方法。直到明代发明人痘接种法，为预防天花开辟有效途径， 为免疫学的早期成就，在世界医学史上占有重要地位。人痘接种法开始应用的确实日期仍不能确定，但是最晚在明朝年间(1567-1572)确实有文献记载其应用。

外伤科的新成就

    这时期，外科及创伤科有新进展；医家们主张治疗外伤疾病应内、外兼顾。同时对癌症有了较清晰的认识，例如认为致癌原因是情绪低落或是嗜吃油煎、辛辣、烧焦食物等。外科手术方面如止痛、消毒及止血的技术也提高了。陈实功的《外科正宗》较突出地表现当时的成就。

    陈实功(1555-1636)，江苏南通人。他从青年时代就专门研究外科，经过四十多年不断实践，在外科理论和手术方面都有独到之处。于晚年1617年完成《外科正宗》。

    《外科正宗》论及外科常见疾病一百多种，并选入了唐宋以来的许多有效方剂。他主张治疗外科疾病应该内服和手术并重，认为脓肿疾病应该尽早开刀，以免贻误病情。书内记载他曾经成功做过断喉吻合术；并在茴香散局部麻醉下，用铜筋丝线圈套及摘除鼻息肉。书内还有最早对颈部恶性肿瘤及乳癌的记录。

    另一位同期著名外科医家，王肯堂(1549-1613)，撰写《疡医证治准绳》。对外科诊治有丰富的论述，主张骨伤科医生首要必须了解骨骼结构。书内有很多中医外科史上早期的记载，如气管吻合术，耳廓、唇、舌、外伤的整形术。当时他已认识到肿瘤不能手术治疗。